深圳市福田區疾病預防控制中心是按照國家衛生監督體制改革的要求，在撤銷原福田區衛生防疫站（創建于1984年）的基礎上，重新組建的一個衛生事業單位，2002年10月18日率先正式掛牌獨立運作，承擔著全區傳染病防制、兒童計劃免疫，以及消毒殺蟲、食品衛生、公共場所衛生、職業衛生、學校衛生相關檢測和健康教育等工作任務。
福田疾控十分重視單位的可持續發展。1999年通過地市級一等衛生防疫站評審，2000年通過ISO9001:2000質量體系認證，2003年通過中國實驗室國家認可和廣東省衛生監督檢驗機構資質認定。在2003年抗非斗爭中成績顯著，先后獲得“廣東省模范集體”、“深圳市先進單位”、“深圳市先進基層黨支部”等光榮稱號。1997－2003年共獲各級科研立項26項，包括1項省級立項、6項市級立項和19項區級立項。其中“中小學生酵母重組（基因工程）乙型肝炎疫苗常規免疫接種效果研究”科技成果獲深圳市科技進步三等獎。先后成為廣東藥學院、四川大學華西公共衛生學院、中南大學湘雅醫學院的教學實習基地。
福田疾控通過深信服SINFOR AC上網行為管理產品的部署，應用于網絡出口處，對外作為多功能網關、實現一體化的安全防護，對內作為上網行為管理、滿足了公安網監處的檢查要求，避免了不良信息的傳播。
